Código de ejemplo utilizando pylab y nibabel

#Cargar los modulos
#Herramientas para graficar y rutinas simples de analisis numerico
from matplotlib.pylab import *
#Herramientas para grabar y cargar imagenes medicas
import nibabel

#Cargar la meta-imagen del archivo
meta_imagen = nibabel.load('t1_acpc.nii.gz')
#Cargar la transformacion de espacio de voxels a mundo
transformacion = meta_imagen.get_affine()
#Cargar la imagen
imagen = meta_imagen.get_data()
#Obtener las dimensiones de la imagen
print datos_imagen.shape

def sumar_un_valor_en_ventana(imagen, tamano_ventana, centro_ventana, valor):
'''
Esta funcion suma una constante a todos los elementos de una imagen que caigan
dentro de la ventana de tamano tamano_ventana y centro en centro_ventana
'''
#Creamos la variable correspondiente a la ventana, con el mismo tipo que la imagen, sin inicializar los valores
ventana = empty((tamano_ventana, tamano_ventana, tamano_ventana), dtype=imagen.dtype)
#Usamos el operador [:] para asignar valor a cada uno de los elementos de la ventana
ventana[:] = valor
    #Obtenemos los limites de la ventana con respecto al centro en la imagen
min_i = max(0, centro_ventana[0] - tamano_ventana / 2)
max_i = min(imagen.shape[0], centro_ventana[0] + tamano_ventana / 2)
    min_j = max(0, centro_ventana[1] - tamano_ventana / 2)
max_j = min(imagen.shape[1], centro_ventana[1] + tamano_ventana / 2)
    min_k = max(0, centro_ventana[2] - tamano_ventana / 2)
max_k = min(imagen.shape[2], centro_ventana[2] + tamano_ventana / 2)
    imagen[min_i:max_i, min_j:max_j, min_k:max_k] += ventana

sumar_un_valor_en_ventana(imagen, 10, (90, 90, 90), 10000)
imshow(imagen[90, :, :])
show()
See also: codigo